De acuerdo con el artículo 14 del Real Decreto-ley 5/1995, de 16 de junio, los órganos rectores de la Sociedad Estatal de Participaciones Industriales son el Presidente y el Consejo de Administración.
- El Presidente de SEPI es también el presidente del Consejo de Administración. Su nombramiento corresponde al Gobierno mediante Real Decreto, a propuesta del ministro de Hacienda y Administraciones Públicas.
- El Consejo de Administración de SEPI está integrado, además de por su presidente, por el vicepresidente de esta Sociedad Estatal, con el mismo cargo en el Consejo, por el secretario del Consejo y por 14 vocales, que representan a los ministerios de Defensa; Hacienda y Administraciones Públicas; Industria, Energía y Turismo; Economía y Competitividad; Fomento; Empleo y Seguridad Social; Agricultura, Alimentación y Medio Ambiente y Presidencia.
- El Comité de Dirección de SEPI es su órgano ejecutivo, al que el Consejo de Administración delega determinadas operaciones contenidas en 'Las Normas Reguladoras de las Relaciones de SEPI con sus Empresas'. El presidente de esta Sociedad Estatal nombra a los miembros del Comité de Dirección, de lo que es informado el Consejo de Administración.
